บู๊นรู้จากอาการของเขาตั้งแต่เขายังเด็กมาก และการทดสอบที่ดำเนินการในเวลานั้นไม่ได้ระบุว่าเขาจำเป็นต้องผ่าตัดในขณะนั้น พวกเขาค้นพบว่าเขามีลิ้นหัวใจเอออร์ติกสองแผ่น ซึ่งเป็นความผิดปกติแต่กำเนิด และหมายความว่าเขาต้องมีลิ้นหัวใจสองแผ่นแทนที่จะเป็นสามแผ่นเพื่อควบคุมการไหลเวียนของเลือดเข้าสู่หัวใจ นี่ไม่ใช่ภาวะฉุกเฉิน แต่สภาพร่างกายกำลังแย่ลง ผลการทดสอบแสดงให้เห็นว่าเป็นเช่นนี้ และนี่คือสิ่งที่เขาพยายามเผชิญเพื่อหลีกเลี่ยงการผ่าตัด แต่ตอนนี้จำเป็นต้องทำ “ในตอนแรก แพทย์ของฉันคิดว่าฉันสามารถเลื่อนการผ่าตัดแก้ไขออกไปได้สักระยะหนึ่ง แต่เนื่องจากอาการของฉันแตกต่างกัน พวกเขาจึงแนะนำให้ฉันจัดการกับปัญหานี้โดยเร็วที่สุด” บู๊นกล่าว “ฉันจะฟื้นตัวพอที่จะเล่นเบสบอลได้อีกครั้งหรือไม่ อาจจะ”
ฉันจะเล่นเบสบอลอีกครั้งไหม? ตอนนี้ฉันไม่รู้ เราจะข้ามสะพานนั้นเมื่อเราไปถึงที่นั่น” เอ็ด เวด ผู้จัดการทั่วไปของฮุสตัน แอสโทรส์ รวมถึงเซซิล คูเปอร์ ผู้จัดการทีมทราบเกี่ยวกับอาการของเขา และทั้งคู่ก็ให้การสนับสนุนบูนอย่างเต็มที่ และทุกคนก็รู้สึกกังวลมาก รวมถึงเพื่อนร่วมทีมของเขาที่อยู่ในห้องประชุมกับแอรอนเพื่อแสดงการสนับสนุนในช่วงเวลาที่ยากลำบากนี้
ผู้เล่นวัย 36 ปีรายนี้ระบุว่าไม่มีอาการใดๆ ของอาการที่แย่ลง แต่ไม่ช้าก็เร็ว เขาก็ต้องตัดสินใจเข้ารับการผ่าตัด นี่อาจหมายถึงการสิ้นสุดอาชีพนักเบสบอลอาชีพของเขา แม้ว่าแพทย์จะบอกว่าเขาจะฟื้นตัวได้อย่างสมบูรณ์และกลับมาเล่นได้อีกครั้ง แต่เขาก็ยังไม่รู้ว่าต้องการจะทำหรือไม่ และจะตัดสินใจเมื่อฟื้นตัวเต็มที่แล้ว แอรอน บูน เริ่มต้นอาชีพนักเบสบอลอาชีพกับทีมซินซินเนติ เรดส์ ซึ่งเขาได้รับโอกาสให้เล่นตำแหน่งผู้เล่นฐานสามในปี 1998 ร่วมกับเบร็ต บูน พี่ชายของเขา และสตีเฟน ลาร์กิน พี่ชายอีกสองคน และแบร์รี ลาร์กิน
เขาอยู่กับทีม Reds จนถึงปี 2002 จากนั้นเขาได้รับการว่าจ้างโดยทีม New York Yankees ซึ่งเขาสร้างประวัติศาสตร์ด้วยการตีโฮมรันที่ดีที่สุดเป็นอันดับ 9 ตลอดกาลในเกมที่ 7 ในอินนิ่งที่ 11 ซึ่งทำให้ทีม Yankees เอาชนะทีม Boston Red Sox ได้ในการแข่งขัน ALCS ประจำปี 2003
ในปี 2004 เขาถูกถอดออกจากรายชื่อผู้เล่นของทีมแยงกี้เมื่อได้รับบาดเจ็บขณะเล่นบาสเก็ตบอล ซึ่งถือเป็นการละเมิดสัญญาที่เขามี ทีมแยงกี้ต้องการต่อสัญญากับเขาอีกครั้งในปี 2005 แต่เขากลับเซ็นสัญญา 2 ปีกับทีมคลีฟแลนด์อินเดียนส์แทน ต่อมาเขาเซ็นสัญญากับทีมฟลอริดามาร์ลินส์ในปี 2006 เป็นเวลา 1 ปี และหลังจากนั้นเขาก็เซ็นสัญญากับทีมวอชิงตันเนชันแนลส์ในปี 2007 ในที่สุดเขาก็เซ็นสัญญากับทีมฮูสตันแอสโทรส์ในปี 2008 บูนซึ่งติดทีมออลสตาร์ในปี 2003 มีค่าเฉลี่ยการตีบอลตลอดอาชีพ .264 ตีโฮมรันได้ 126 ครั้งและตี RBI ได้ 555 ครั้งใน 11 ฤดูกาลกับห้าสโมสรที่แตกต่างกัน